تخريب‌ عمدي خانه‌هاي تاريخي از جمله معضلاتي است که همچنان سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري استان اصفهان با آن دست به گريبان است.
     دفتر ثبت و بررسي خانه‌هاي تاريخي به افرادي که براي تخريب خانه‌هاي تاريخي خود به منظور نوسازي مراجعه مي‌کنند اجازه تخريب نمي‌دهد به همين منظور آن‌ها عمدا خانه‌هاي خود را تخريب مي‌کنند تا سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري ادعايي مبني بر تخلف آن ‌ها نداشته باشد.
    «ناصر طاهري»، مسئول دفتر خانه‌هاي تاريخي سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري استان اصفهان دراين‌باره گفت: «تخريب خانه‌هاي تاريخي از مدت‌ها پيش ادامه داشته است و مالکان خانه‌هاي تاريخي روش‌هاي مناسبي براي انجام اين کار دارند.»
    به گفته وي از جمله اين روش‌ها آتش‌سوزي يک‌باره خانه‌هاي تاريخي يا فروريختن سقف خانه در اثر رطوبت بيش از حد است.
    طاهري در ادامه افزود: «برخي مالکان خانه‌هاي تاريخي آنقدر در پي خانه‌هاي خود آب مي ريزند که پس از مدتي با افزايش رطوبت و بالا رفتن آن سقف خانه فرو مي‌ريزد.»
     خانه‌هاي تاريخي که پس از تخريب عمدي ويران مي‌شوند به ناچار نوسازي شده و همين امر به مرور زمان چهره بافت تاريخي اصفهان را آشفته مي کند. اين در حالي است که مالکان اين خانه‌هاي تاريخي مورد پيگرد قانوني قرار نمي‌گيرند و به راحتي در دادگاه‌هاي قضايي تبرئه مي‌شوند.
     طاهري در خصوص چگونگي رفع اين مشکل به ميراث خبر گفت:‌«تنها مي‌توان از طريق فرهنگ‌سازي از چنين اتفاق هايي جلوگيري کرد. هنگامي که سطح فرهنگ مالکان خانه‌هاي تاريخي که در صدد تخريب‌ خانه‌هايشان هستند بيشتر شود و نسبت به حفاظت از ميراث فرهنگي آگاهي بيشتري پيدا کنند،‌ کمتر شاهد چنين تخريب‌هايي هستيم.»
    تخريب خانه‌هاي تاريخي از جمله معضلاتي است که سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري با آن مدت هاست دست به‌گريبان است. از ميان روش‌هاي تخريب عمدي، آتش‌سوزي‌هاي شبانه کمتر به چشم مي خورد، اما همچنان مالکان خانه‌هاي تاريخي با آب ريختن در پي ساختمان ، به تخريب خانه‌هاي خود ادامه مي‌دهند.